Emacs24以降だとLISPパッケージ管理ツールがインストールされています。インストール可能なパッケージ一覧は、以下のコマンドで確認できます。

M-x list-package

※2013-05-23 追記
Emacs 24.3にて、上記コマンドより下記コマンドの方がうまく動いてくれるかもしれません（未検証）

M-x package-list-packages

パッケージリストの中からインストールしたいパッケージ行へカーソルを移動し、iでマークしてください。誤ってマークしてしまったならuで解除できます。また、アンインストールをする場合はdをマークします。

選択が完了したらxで実行しましょう。確認ダイアログが表示されますので、yes RETで実行します。

（shingoyonedaが）追加しておきたいリポジトリ

パッケージ管理ツールがチェックするリポジトリリストに新たなリポジトリを追加するには以下のようにします。

(add-to-list 'package-archives '("melpa" . "http://melpa.milkbox.net/packages/") t)
(add-to-list 'package-archives '("marmalade" . "http://marmalade-repo.org/packages/"))
(package-initialize)

これ以外にも良いリポジトリがあるかもしれません。面倒なので調べていませんが……。

（shingoyonedaが）入れておきたいパッケージ

cperl-mode
flymake
js2-mode
magit
markdown-mode
org
php-mode
zencoding-mode